井上太郎時満の後裔井上貞親は、宗祖親鸞聖人に帰依して剃髪して門弟となり釋西念と称して下総国葛飾郡古河に一宇（宗願寺）を建立する。その末裔に裕達なる者、天文年間、故あり当国に来り本願念仏を弘通し、当小山村東谷山麓南原に一庵を結び居住する。後、本願寺第十二代准如宗主より寺号善行寺賜る。よって裕達を以て当寺開基とする。

​現在東谷山麓に善行寺旧屋敷と呼称せる地あり。その後現在の地に移転したが年代は未詳。